Die eigentlichen Freiberge erhielten erst 1892 einen Anschluß an das Eisenbahnnetz. Vom Bezirkshauptort Saignelégier aus führte die "Regional Saignelégier- Chaux de Fonds" (SC) über die gesamte, dünn besiedelte Hochfläche des Jura bis zur neuenburgischen Industriestadt La Chaux-de-Fonds. Hier endete die Strecke erst am Stadtrand; ab 1893 fuhr sie als Straßenbahn bis zum Bahnhof, wobei sie die Gleise der 1889 eröffneten Bahn nach Le Ponts-de-Martel mitbenutzte.
1904 erhielt Saignelégier auch eine Verbindung nach Norden. Die RSG (Regional Saignelégier- Glovelier) war jedoch normalspurig. Eine Besonderheit der RSG war die Spitzkehre in Combe- Tabeillon, die für die Überwindung des Höhenunterschieds von knapp 500 m zwischen den Endpunkten als notwendig erachtet wurde. Das Depot der RSG befand sich in Saignelégier, wo komplizierte Gleisanlagen Normalspur/Schmalspur entstanden.
Die noch fehlende Verbindung von Tramelan zur SC wurde erst 1913 von einer vierten Gesellschaft, der Tramelan- Breuxleux- Noirmont- Bahn (TBN) hergestellt, die ihre Strecke von Anfang an elektrisch betrieb. Gleichzeitig elektrifizierte auch die TT ihre Strecke und ging mit der TBN eine Betriebsgemeinschaft ein, die 1927 zur Fusion führte.
Auf der Basis des Privatbahnhilfegesetzes von 1938 fusionierten die drei Bahnen 1944 zu den Chemins de Fer du Jura; ebenfalls zur CJ stieß die normalspurige Linie Porrentruy- Bonfol, die keine direkte Verbindung zum übrigen Netz hat. Mit öffentlicher Hilfe konnte die CJ nun die Modernisierung der völlig veralteten Bahnen in Angriff nehmen.
1948 wurde auf der Normalspurstrecke der ehemaligen RSG wegen des schlechten Gleiszustandes der Personenverkehr eingestellt. Um das Netz zu vereinheitlichen, beschloß die CJ, die Strecke auf Meterspur umzubauen und sie gleichzeitig zu elektrifizieren. Die Arbeiten wurden 1953 durchgeführt, und am 4.10.1953 wurde der Betrieb, einschließlich des Personenverkehrs, wieder aufgenommen.
1981 legte der Kanton ein Projekt vor, das die direkte Anbindung der Freiberge an die Kantonshauptstadt Delémont zum Ziel hat. Es sieht eine Verlängerung der CJ von ca. 13 km von Glovelier nach Delémont vor, wobei die Bahn weitgehend der Trasse der Transjurane- Autobahn folgen soll.
Die meisten Kunstbauten der CJ sind auf der Strecke Saignelégier- Glovelier konzentriert. Hier folgen insgesamt 8 Tunnels in kurzem Abstand. Das größte Bauwerk ist der Viadukt bei Tavannes, der 1966 mehrere Niveauübergänge ersetzte. Sitz der Bahnverwaltung und der Werkstätte ist Tramelan.